fa تایپینگ E. coli های جدا شده از نمونه‌های آب سطحی ورودی به تصفیه‌خانه‌های شهر تهران به روش ERIC-PCR پزشکی Medicine پژوهشی Original <p>&nbsp;<strong> چکیده </strong></p> <p>&nbsp;<strong> سابقه و هدف: </strong>تایپینگ سویه‌های باکتریایی، یکی از روش‌های مطالعه‌ی اپیدمیولوژیک است. بدین منظور در این تحقیق از تکنیک ERIC-PCR جهت بررسی تنوع ژنتیکی سویه‌های <i>E. coli </i>جدا شده از آب ورودی به تصفیه‌خانه‌های شهر تهران استفاده شد .</p> <p>&nbsp;<strong> مواد و روش‌ها: </strong>تعداد 106 ایزوله <i>E. coli </i>طی دوره‌ی یک ساله، از بین 1939 نمونه ورودی تصفیه‌خانه‌های آب شهر تهران مطابق با روش‌های استاندارد جداسازی شد و با روش ERIC PCR اثر انگشت ژنومیک آنها تعیین و با رسم دندروگرام بر اساس UPGMA ، خوشه‌های ترسیمی مورد ارزیابی قرار گرفت .</p> <p>&nbsp;<strong> یافته‌ها: </strong>تعداد 106 ایزوله <i>E. coli </i>وارد این تحقیق شد و از بابت توالی‌های ERIC ، مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که راندمان ERIC-PCR در تعیین اثر انگشت بسیار بالا است، چرا که همه‌ی سویه‌ها با این روش قابل تایپ‌بندی بودند. در مجموع، تعداد 32 باند در محدوده‌ی 163 تا 3200 به‌دست آمد که به ‌واسطه‌ی آنها، سویه‌ها در 9 خوشه قرار گرفتند .</p> <p>&nbsp;<strong> نتیجه‌گیری: </strong>با بررسی نحوه‌ی توزیع ایزوله‌های جدا شده از نمونه‌های آب ورودی به هر یک از تصفیه‌خانه‌ها در خوشه‌ها، مشخص گردید که با توجه به تنوع بسیار بالای ژنتیکی ایزوله‌های مختلف <i>E. coli </i>که از منابع مختلف وارد آب شده‌اند، نمی‌توان الگوی خوشه‌ای خاصی را برای هر یک از تصفیه‌خانه‌ها در نظر گرفت .</p> Abstract: Background and Aim: Typing of bacterial strains is used for epidemiologic studies. Here we investigated the distribution of ERIC elements in the complete genome sequences of Escherichia coli (E. coli) strains. The aim of the current study was to apply ERIC-PCR method for molecular typing of E. coli strains isolated from influent of Tehran province surface water treatment plants by ERIC-PCR. Materials and Methods: Current study included E. coli strains all isolated from 5 Tehran province surface water treatment plants. Bacterial isolates were all detected and identified by standard microbiological and biochemical tests and genomic fingerprints and relationship between the strains was evaluated by ERIC-PCR using specific primers followed by UPGMA clustering method applying online in silico tool. Results: One hundred and six E. coli isolates were collected from Tehran surface water sources. Applying ERIC-PCR, all strains were typeable, since 32 different bands ranging from 163 to 3200 bp were amplified in different profiles. Following dendogram analysis, ERIC-PCR could categorize the strains within 9 ERIC clusters. &zwj;Conclusion: The results of current study confirmed that E. coli strains isolated from different treatment plants of Tehran province belong to diverse clones and different genotypes and could not be divided in any specific clusters. However, ERIC-PCR is a powerful molecular tool with high performance and good discriminatory power. واژگان کلیدی: ژنوتایپینگ, اثر انگشت ژنومیک, E. coli, ERIC Keywords: Genotyping, Genomic finger print, E. coli, ERIC 38 44 http://pajoohande.sbmu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-882&slc_lang=fa&sid=1 Abbas Akhavan Sepahi عباس اخوان سپهی Akhavansepahy@gmail.com 1900319475328460010370 1900319475328460010370 Yes دانشگاه آزاد اسلامی- واحد تهران Kambiz Davari کامبیز داوری 1900319475328460010371 1900319475328460010371 No دانشگاه آزاد اسلامی- واحد سنندج Leili Akhtari لیلی اختری 1900319475328460010372 1900319475328460010372 No دانشگاه آزاد اسلامی - واحد سنندج